در راستای توسعه زیست‌بوم نوآوری و فناورانه و با هدف بهره‌گیری از ظرفیت‌های علمی، پژوهشی و فناورانه کشور، شرکت مپنا ونچرز مجموعه‌ای از تفاهم‌نامه‌های همکاری را با دانشگاه‌ها، مراکز علمی و مجموعه‌های فعال در حوزه فناوری و نوآوری به امضا رسانده است.
این همکاری‌ها با هدف ایجاد و توسعه زمینه‌های مشترک در حوزه‌های علمی، پژوهشی و فناورانه، شناسایی ظرفیت‌های نوآورانه، تقویت ارتباط میان صنعت و دانشگاه و فراهم‌کردن بستر مناسب برای توسعه و تجاری‌سازی ایده‌ها و فناوری‌های نوین دنبال می‌شود.
در همین راستا، مپنا ونچرز تفاهم‌نامه‌های همکاری با مجموعه‌های علمی و فناوری کشور منعقد کرده است که از جمله آن‌ها می‌توان به دانشگاه صنعتی شریف، دانشکده مهندسی پزشکی دانشگاه امیرکبیر، شهرک علمی و تحقیقاتی اصفهان، پارک علم و فناوری یزد، پارک علم و فناوری استان زنجان اشاره کرد.
این همکاری‌ها متناسب با ظرفیت و مأموریت هر یک از مجموعه‌ها، در محورهایی همچون همکاری‌های علمی و پژوهشی، اجرای طرح‌ها و پروژه‌های مشترک، شناسایی و توسعه ظرفیت‌های فناورانه، سرمایه‌گذاری و حمایت از فعالیت‌های نوآورانه شکل گرفته‌اند و بخشی از رویکرد مپنا ونچرز برای توسعه و تقویت شبکه ارتباطی خود با دانشگاه‌ها، مراکز پژوهشی، پارک‌های علم و فناوری و نهادهای تخصصی کشور به شمار می‌روند.